线粒体通常用健那绿染色。
健那绿是一种专一性线粒体染色剂，线粒体中细胞色素氧化酶使染料分子具有电子传递链和氧化活性，可以将染料分子染成蓝绿色。因此，用健那绿对线粒体进行染色，可以在显微镜下观察到线粒体的形态和分布。
线粒体通常用健那绿染色。
健那绿是一种活体染色剂，线粒体中细胞色素c氧化酶在光镜下染成蓝绿色，而细胞质部分通常染成无色或粉红色。健那绿用于线粒体的活体染色，线粒体中细胞色素c氧化酶使健那绿染料着色，因此可以用这种活细胞染色方法进行观察。
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线粒体常用的是健那绿染液进行染色，线粒体呈蓝绿色。健那绿染液是专一性染线粒体的活细胞染色剂，可以保持线粒体的活性。
此外，还可以用专性荧光染料如罗丹明类染料、PI（Propidium Iodide，碘化丙啶）等进行染色。罗丹明类染料在细胞内会被线粒体中的色素吸收并转化为荧光，PI染色的原理主要是通过与DNA结合，线粒体中的DNA也会被染色。
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